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高性能计算

项目背景

高性能计算系统是æé«˜ä¸€ä¸ªç§‘研机构研究水平的é‡è¦åŸºç¡€è®¾æ–½ï¼Œä¹Ÿæ˜¯ä¸€ä¸ªå›½å®¶ç§‘æŠ€ä¸Žç»æµŽå®žåŠ›çš„æ ‡å¿—ã€‚å®ƒä¸ä»…是一个高速处ç†çš„è®¡ç®—æœºç³»ç»Ÿã€æ›´é‡è¦çš„æ˜¯åœ¨å…¶ä¹‹ä¸Šè¿è¡Œçš„å„ç§åº”用对科学领域产生éžå¸¸æ·±è¿œçš„å½±å“。20世纪90å¹´ä»£ä¸­åŽæœŸä»¥æ¥ï¼Œè®¸å¤šé«˜æ€§èƒ½è®¡ç®—应用领域越æ¥è¶Šå¤šåœ°å¸Œæœ›åˆ©ç”¨åŠå¯¼ä½“和计算机技术å‘å±•çš„æ–°æˆæžœé€šè¿‡æ›´å¤§è§„æ¨¡ã€æ›´ç²¾ç¡®çš„æ•°å€¼æ¨¡æ‹Ÿå’Œæ•°å­—计算æ¥è¿›è¡Œæ–°äº§å“设计和科学研究,æé«˜ç§‘学研究水平ã€åŽ‚å•†å¸‚åœºç«žäº‰åŠ›ä»¥è‡³å›½å®¶çš„ç»¼åˆå›½åŠ›ã€‚å¦ä¸€æ–¹é¢ï¼Œäººä»¬ä¹Ÿè¦æ±‚利用工业标准芯片等开放性的技术é™ä½ŽæŠ•资ã€åŠ é€Ÿå¼€å‘,在规定ç»è´¹é¢„算和时间框架内完æˆè§„模越æ¥è¶Šå¤§çš„è®¡ç®—ä»»åŠ¡ã€‚é«˜æ€§èƒ½å’Œé«˜ç»æµŽæ•ˆç›Šç›¸ç»“åˆå·²ç»æˆä¸ºé«˜æ€§èƒ½è®¡ç®—领域最引人注目的å‘展趋势。


高性能计算环境å‘展的趋势


Ø  æ›´é«˜ã€æ›´å…¨é¢çš„æ€§èƒ½è¦æ±‚


é«˜æ€§èƒ½æŠ€æœ¯è®¡ç®—æ˜¯åˆ©ç”¨æ•°å€¼æ¨¡æ‹Ÿå’Œæ•°å­—æŠ€æœ¯æ–¹æ³•æŽ¢ç´¢å’Œé¢„æµ‹æœªçŸ¥ä¸–ç•Œçš„æŠ€æœ¯ã€‚è¿™ä¸€æŠ€æœ¯å¹¿æ³›åº”ç”¨äºŽæ ¸æ­¦å™¨ç ”ç©¶å’Œæ ¸ææ–™å‚¨å­˜ä»¿çœŸã€ç”Ÿç‰©ä¿¡æ¯æŠ€æœ¯ã€åŒ»ç–—和新è¯ç ”ç©¶ã€è®¡ç®—化学ã€GISã€CAEã€å…¨çƒæ€§é•¿æœŸæ°”象ã€å¤©æ°”å’Œç¾å®³é¢„报ã€å·¥è‰ºè¿‡ç¨‹æ”¹è¿›å’ŒçŽ¯å¢ƒä¿æŠ¤ç­‰è®¸å¤šé¢†åŸŸã€‚è¿‘å¹´æ¥ï¼Œéšç€ç ”究的深入和竞争的加剧,å„个领域越æ¥è¶Šå¤šåœ°ä½¿ç”¨æ¨¡æ‹Ÿçš„æ–¹æ³•æ¥è§£å†³ç§‘研和生产中的实际问题。模拟的模型越æ¥è¶Šå¤§ã€è®¡ç®—的精度越æ¥è¶Šé«˜ã€å¯¹è¶…çº§è®¡ç®—æœºæ€§èƒ½è¦æ±‚也越æ¥è¶Šé«˜ã€‚例如,在一个3维模型中,如果把从æ¯ä¸ªæ–¹å‘å–100个分点增加å–到1000个分点,对计算机资æºçš„需求将增加1000å€ä»¥ä¸Šã€‚高性能计算应用ä¸ä»…规模越æ¥è¶Šå¤§ï¼Œè€Œä¸”往往必须在规定的时间内完æˆä»»åŠ¡å¦åˆ™å°±å¤±åŽ»äº†è®¡ç®—çš„ä»·å€¼ï¼ˆå¦‚å¤©æ°”é¢„æŠ¥ã€ä¼ æŸ“病防治)。这就对计算机系统的计算能力ã€ç³»ç»Ÿå¸¦å®½ã€å†…存容é‡ã€å­˜å‚¨è®¾å¤‡å’ŒI/Oåžå能力以åŠåº”ç”¨è½¯ä»¶çš„å¼€å‘æŠ€æœ¯éƒ½æå‡ºäº†æ›´é«˜ã€æ›´å…¨é¢çš„è¦æ±‚。

Ø  å‘通用化方å‘å‘展

过去人们一般把计算机应用分为科学计算ã€ä¿¡æ¯å¤„ç†å’Œè‡ªåŠ¨æŽ§åˆ¶ç­‰ç±»åž‹ã€‚å…¶ä¸­ï¼Œä»¥ä¿¡æ¯å¤„ç†ä¸ºä¸»çš„应用统称ä¼ä¸šåº”ç”¨ï¼Œæ˜¯å¸‚åœºå®¹é‡æœ€å¤§çš„应用领域。早期的ä¼ä¸šåº”用与高性能计算应用有很大的差别,涉åŠçš„计算比较简å•ã€ä½¿ç”¨çš„æ•°æ®é‡ä¹Ÿä¸å¤§ï¼Œå¯¹è®¡ç®—机系统的主è¦è¦æ±‚是能够支æŒå¤§é‡ç”¨æˆ·ï¼ˆåŒ…括网上用户)进行事务处ç†å¦‚ä¿¡æ¯è¾“å…¥ã€æŸ¥è¯¢å’Œç»Ÿè®¡ç­‰ï¼Œè€Œå¯¹äºŽè®¡ç®—能力ã€å­˜å‚¨å®¹é‡è¦æ±‚也ä¸é«˜ã€‚因此,高性能计算应用往往使用与ä¼ä¸šåº”用ä¸åŒçš„系统,影å“äº†äº§å“æ‰¹é‡çš„æ‰©å¤§ã€‚当å‰ï¼Œäººç±»æ­£åœ¨ä»Žå·¥ä¸šåŒ–社会进入信æ¯ç¤¾ä¼šï¼ŒæŠ€æœ¯çš„æŒç»­åˆ›æ–°ã€å¸‚场需求的瞬æ¯ä¸‡å˜ã€ç«žäº‰ç©ºé—´çš„è¿…é€Ÿæ‰©å¤§ï¼Œè¦æ±‚ä¼ä¸šé‡‡ç”¨Internetã€ç”µå­å•†åŠ¡ã€ç”µå­å•†åŠ¡ä¼ä¸šç­‰çŽ°ä»£åŒ–æ‰‹æ®µï¼Œæ¥é€‚应时代的å‘展。许多新型的ä¼ä¸šåº”用对计算能力ã€å­˜å‚¨å®¹é‡å’Œç³»ç»Ÿå¸¦å®½çš„è¦æ±‚都越æ¥è¶Šé«˜ã€è¶Šæ¥è¶Šè¿«åˆ‡ï¼Œé«˜æ€§èƒ½è®¡ç®— 应用和其他类型应用的界é™ä¹Ÿæ—¥ç›Šæ·¡åŒ–。当å‰ï¼Œå‡ ä¹Žæ‰€æœ‰åº”用领域都需è¦ä½¿ç”¨èƒ½å¤Ÿæä¾›é«˜è®¡ç®—能力ã€ç³»ç»Ÿå¸¦å®½å’Œå­˜å‚¨å®¹é‡çš„计算机系统,促使用户选择相åŒçš„系统满足å„ç§ç±»åž‹çš„需求,为利用大批é‡ã€ä½Žæˆæœ¬çš„é€šç”¨äº§å“æ»¡è¶³é«˜æ€§èƒ½è®¡ç®—应用需求创造了有利的æ¡ä»¶ã€‚

Ø  更加严格的预算约æŸ

éšç€ç«žäº‰çš„加剧和应用的普åŠï¼Œé«˜æ€§èƒ½è®¡ç®—ä¸å†æ˜¯ä¸€ä¸ªä¸æƒœå·¥æœ¬çš„应用领域,许多项目的预算约æŸè¶Šæ¥è¶Šä¸¥æ ¼ã€‚è¿™å°±è¦æ±‚åŽ‚å•†ç”Ÿäº§å…¨ç³»åˆ—çš„äº§å“æ»¡è¶³ä¸åŒè§„æ¨¡åº”ç”¨çš„éœ€æ±‚ã€æ›´åŠ å¯é åœ°ä¿æŠ¤ç”¨æˆ·åŽŸæœ‰æŠ•èµ„ã€åŠ é€ŸITæŠ•èµ„å›žæŠ¥ï¼Œè€Œä¸”ä¹Ÿè¦æ±‚å®žçŽ°èµ„æºæŒ‰éœ€ä¾›åº”和更大范围的资æºå…±äº«ï¼ŒæŽ¨åŠ¨äº†ç½‘æ ¼å’Œå…¬ç”¨æœåŠ¡ç­‰æ–°çš„è®¡ç®—æ¨¡å¼çš„å‘展。

Ø  使用商å“化部件

为了促进高性能计算广泛应用必须é™ä½Žæˆæœ¬ï¼Œå¦åˆ™å¾ˆéš¾ä¸ºæ›´å¤šçš„用户所接å—。由于高端的高性能计算系统(特别是超级计算机)需è¦ä½¿ç”¨è®¸å¤šè®¡ç®—节点和互è”è®¾å¤‡ç­‰éƒ¨ä»¶ï¼Œå› æ­¤å¿…é¡»ä¿æŒæ¯ä¸ªéƒ¨ä»¶çš„ä½Žæˆæœ¬ã€‚早期的超级计算机系统使用专门定制的处ç†å™¨å’Œäº’è”设备等部件价格éžå¸¸æ˜‚贵。以åŽï¼ŒCray Research å…¬å¸çš„T3D å’Œ CRAY T3E 开始使用商å“化的 Alpha 处ç†å™¨ã€‚当å‰å•†å“化处ç†å™¨å’ŒæœåŠ¡å™¨æ€§èƒ½æ—¥ç›Šæé«˜ã€ä»·æ ¼ä¹Ÿæ—¥è¶‹ä¸‹é™ï¼Œä¸ºåˆ©ç”¨å®ƒä»¬å»ºç«‹é«˜ç«¯å’Œè¶…级计算机系统æä¾›äº†è‰¯å¥½çš„基础。为此,美国政府还推出了ASCI 计划,力图é™ä½Žè¶…çº§è®¡ç®—æœºç³»ç»Ÿçš„æˆæœ¬ï¼Œå…¶ä¸»è¦é€”径是尽å¯èƒ½é‡‡ç”¨å•†å“化市售(COTS)硬件和软件部件,把力é‡é›†ä¸­åœ¨å‘展主æµè®¡ç®—机工业ä¸èƒ½æœ‰æ•ˆåœ°æä¾›çš„专门技术。目å‰å·²ç»å¾ˆå°‘冿œ‰åŽ‚å•†ä½¿ç”¨ä¸“é—¨çš„éƒ¨ä»¶å¦‚å‘é‡å¤„ç†å™¨æ¥å»ºç«‹è¶…级计算机系统。今åŽçš„å‘展趋势是在高端和超级计算机系统中尽å¯èƒ½æ™®é地采用商å“化和大批é‡çš„工业标准部件,包括处ç†å™¨ã€äº’è”设备ã€I/Oã€å­˜å‚¨ã€æ“作系统ã€è¯­è¨€ã€ç¼–译程åºã€ç¼–程工具和应用软件。人们注æ„到,基于开放性IAï¼32体系结构的Xeonå’ŒPentium 4处ç†å™¨çš„超级计算机已ç»åœ¨TOP500å æœ‰é‡è¦åœ°ä½ã€‚æ–°å…´çš„Itanium处ç†å™¨ç³»åˆ—(IPF)必将以其开放性ã€å¤§æ‰¹é‡å’Œ64ä½å¯»å€å’Œå¤„ç†èƒ½åŠ›ï¼Œå¯¹è¶…çº§è®¡ç®—æœºæ°´å¹³çš„æé«˜äº§ç”Ÿåˆ’时代的影å“,以远比32ä½ä½“ç³»ç»“æž„æ—¶ä»£é«˜çš„æ€§èƒ½å’Œæ€§ä»·æ¯”æ¥æ»¡è¶³æ—¥ç›Šå¢žé•¿çš„需求。


高性能计算应用的特点

在传统æ„义上高性能计算应用是属于CPU和内存密集型的应用,它对所è¿è¡Œçš„计算机体系结构(超级计算机体系结构)æå‡ºäº†å‡ ä¸ªä¸»è¦çš„è¦æ±‚:浮点计算能力(尤其是64ä½åŒç²¾åº¦æµ®ç‚¹è¿ç®—),内存带宽和内存容é‡åŠä½“系框架。

所有这些因素都是相互关è”的。高性能计算通常利用å„ç§æ•°å­¦æ–¹ç¨‹å¼æ¥å»ºç«‹æ¨¡åž‹å’Œæ¨¡æ‹Ÿç‰©ç†çŽ°è±¡ã€‚éšç€å„ç§æ¨¡åž‹è¶Šæ¥è¶Šå¤§ï¼Œè¶Šæ¥è¶Šå¤æ‚,数æ®é›†çš„规模也急剧增长。例如,一个100*100*100的栅格包å«100万个元素,该模型仅å ç”¨32MB内存,如果此栅格的分辨率æé«˜10å€ï¼Œè¿™ä¸€æ¨¡åž‹å°±å˜ä¸º1000*1000*1000,包å«10亿个元素,此模型的原始数æ®å°†å ç”¨32GB的内存ï¼å› æ­¤ä¸è®ºæ˜¯åˆ†å¸ƒå¼å†…存还是共享å¼å†…存,è¦å°†æ­¤æ•°æ®ä¼ è¾“至内存中,由CPU处ç†ï¼Œå°±éœ€è¦é«˜å¸¦å®½ï¼Œé«˜å®¹é‡ï¼Œä½Žå»¶è¿Ÿçš„体系结构,当然还需è¦å¼ºå¤§çš„CPU进行计算。

而超级计算机主è¦ç”¨æ¥å¤„ç†è¿™æ ·åºžå¤§çš„å·¥ä½œè´Ÿè½½ã€‚è¿™æ ·çš„è´Ÿè½½æ‰€è¦æ±‚的超级计算机一定是采用快速的CPU,高性能的内存和I/Oå­ç³»ç»Ÿï¼Œæ—¨åœ¨å®žçŽ°æœ€é«˜çš„è¿ç®—é€Ÿåº¦ã€‚åŒæ ·è¿™æ ·çš„è´Ÿè½½æ‰€è¦æ±‚çš„è¶…çº§è®¡ç®—æœºè¿˜å¿…é¡»é‡‡ç”¨å¤šçº§åˆ«å¹¶è¡Œå¤„ç†æŠ€æœ¯ï¼Œèƒ½å¤Ÿåˆ©ç”¨å‡ å个甚至几åƒä¸ªå¤„ç†å™¨æ¥å¤„ç†ä¸€é¡¹ä»»åŠ¡ï¼›è¿™æ ·çš„å¹¶è¡Œå¤„ç†æŠ€æœ¯ä¹Ÿéœ€è¦è¶…级计算机è¦é‡‡ç”¨é«˜æ€§èƒ½çš„äº’è¿žè®¾å¤‡å’Œç³»ç»Ÿè®¾è®¡ï¼Œä»¥è¾ƒé«˜çš„æˆæœ¬åŽ»æ¢å–最高的性能。


技术解决方案

ç›®å‰é«˜æ€§èƒ½è®¡ç®—åœ¨ç§‘å­¦ç ”ç©¶é¢†åŸŸå‘æŒ¥äº†é‡è¦çš„作用,有很多新兴的学科都是以计算为基础的,本次方案设计就是è¦è®¾è®¡ä¸€å¥—稳定ã€å¯é ã€é«˜æ€§èƒ½çš„计算系统,满足超大规模的计算需求。

高性能ã€é«˜æ€§ä»·æ¯” —— ä¿æŠ¤ç”¨æˆ·æŠ•èµ„æˆæœ¬çš„åŒæ—¶ï¼Œæä¾›å¼ºå¤§çš„计算能力,采用最新22nm工艺制æˆçš„Intel Haswell处ç†å™¨ï¼Œä¸ä»…在性能上有了很大æå‡ï¼Œè€Œä¸”在能耗上也有了很大的é™ä½Žï¼›é‡‡ç”¨æœ€æ–°çš„DDR4内存;采用最新的存储系统,æå‡ç³»ç»Ÿçš„IO性能;互è”网络采用先进的Infiniband或万兆网络技术;

简易使用ã€å®‰å…¨ç®¡ç† —— æä¾›æ–¹ä¾¿ç”¨æˆ·ä½¿ç”¨çš„集群软件系统,(包括集群æ“作系统ã€ç›‘管软件等)é™ä½Žå¯¹ä¸“å®¶çš„ITæŠ€æœ¯è¦æ±‚。æä¾›ä¾¿æ·çš„ã€å¯è¿œç¨‹æ“作的集群监控管ç†è½¯ä»¶ï¼Œæ–¹ä¾¿ç³»ç»Ÿç®¡ç†å‘˜æ—¶åˆ»æŽŒæ¡ç³»ç»Ÿæƒ…况;

方便管ç†çš„å•一映åƒç³»ç»Ÿ —— ç®¡ç†æˆ‘们的整套集群系统就åƒç®¡ç†ä¸€å°è®¡ç®—机一样方便,这样大大简化了机器的管ç†å·¥ä½œï¼Œä½¿ç§‘研工作者有更多的时间投入到科学研究中去;

é«˜åº¦å¯æ‰©å±•性—— 在方案的设计中充分体现了这一点。采用由统一工业标准的设备元件,å¯ä»¥å¯¹å·²æœ‰è®¾å¤‡è¿›è¡Œçºµå‘的扩展也å¯ä»¥é€šè¿‡å¢žåŠ èŠ‚ç‚¹æœºçš„æ–¹å¼æå‡ç³»ç»Ÿçš„计算能力;

ä¼˜åŒ–çš„å¹³å°æå‡è½¯ä»¶è¿è¡Œæ•ˆçއ —— Intelå„大软件供应商进行了大é‡çš„åˆä½œç ”å‘工作,使软件在Intelå¹³å°ä¸‹èƒ½æœ‰æ›´å¥½çš„优化;

完善的“360o专家æœåŠ¡â€ä½“ç³» —— æä¾›æœ€å®Œå–„çš„æœåŠ¡ä½“ç³»ï¼Œå…除用户的åŽé¡¾ä¹‹å¿§ã€‚